El país africano es un enorme desconocido, por su pequeño tamaño. El primer encuentro de la región de la actual Guinea Ecuatorial con el mundo europeo será con los exploradores portugueses, cuando en la segunda mitad del siglo XV, realicen navegaciones de cabotaje hacia el mundo de las especias a través de las costas africanas. Fernando Poo dejará su nombre en la actual isla de Bioko. Aquel mundo insular estará bajo control luso, aunque sufriendo ataques holandeses hasta el Tratado de San Ildefonso de 1777, cuando a cambio de la colonia de Sacramento en Brasil, cedieron aquellas islas al rey Carlos III de España.

En 1843, el gobierno de González Bravo envío una expedición en el bergantín Nervión al mando del capitán de fragata Juan José de Lerena, quien se hará cargo de las islas de Fernando Poo, Corisco, Annobón y la desembocadura del río Muni, fundando la ciudad de Santa Isabel, actual Malabo, en honor a la reina. En 1858 llegó el primer gobernador español, Carlos de Chacón y Michelena, para hacerse cargo del territorio, y junto  a él también llegaron los primeros misioneros católicos, tres padres y cuatro hermanos jesuitas. En 1868 cuando fueron expulsados los  jesuitas de España, los tres supervivientes que quedaban abandonaron Fernando Poo, diecisiete tumbas de jesuitas dejaron su testimonio para siempre en la fértil tierra del cementerio de Elobey chico. Es la época de los grandes exploradores que extenderán mapas de aquellas regiones inmensas. El alavés Manuel Iradier será el responsable de dos expediciones, en 1875 y 1884. Al año siguiente, se establecerá el Protectorado de Río Muni, en el continente, que en 1900 pasará a ser oficialmente colonia.

En 1883 llegaron misioneros católicos de nuevo, pertenecientes a una orden nueva, los padres del Corazón de María (claretianos), hasta 1949 hay constancia de los primeros 342 jóvenes religiosos que fueron arar aquellas nuevas almas para Cristo. El mayor de los claretianos tenía 35 años y el menor 18. Las enfermedades tropicales volverán a cobrar un alto tributo, y 132 tumbas recuerdan el precio pagado para que Guinea Ecuatorial sea la única nación africana en la actualidad con una sociedad católica que supera el 80% de fieles. Desde entonces, la colonia aparecerá poco en la historia. El estallido de la Guerra Civil dividió la colonia, del mismo modo que la metrópoli, pero una expedición militar desde Canarias alineó el territorio con el bando nacional.

El siguiente cambio provendrá de la Ley de 30 de julio de 1959, cuando las colonias sean erigidas en provincias (Fernando Poo y Río Muni) con  los mismos derechos que los demás españoles. Este periodo supone un gran esfuerzo por nivelar a la población guineana con sus semejantes en el resto de España, un caso único en el continente. El tamaño y la escasa población lo permitían, y hasta el 12 de octubre de 1968, fecha de su independencia, los niveles de desarrollo serán los más altos de todo el continente. Sus entonces escasos 255.000 habitantes, no obstante, resultaban de una gran diversidad. Los españoles europeos eran unos escasas 7 mil personas, en su mayor parte residentes en la isla. En ella, la población autóctona bubi, eran unos escasos 10 mil, por lo que la gran necesidad de mano de obra para la agricultura había de traerse de fuera, en su mayor parte nigerianos de la zona de Calabar, unos 30 mil, y otros 5 mil cameruneses y gaboneses. El comercio local solía estar en manos de hausas musulmanes procedentes del norte de Nigeria. En el  continente la población es fang, antes denominada pámue, aunque con subgrupos como los ntumo del norte; los okak del sur; los combes, ndowes, bujebas y balengues en el litoral e islas pequeñas. La religión católica y la lengua española han proporcionado una unidad a estos diversos pueblos en una comunidad nacional guineana e hispana.

En el ámbito educativo, la escolarización llegaba a una tasa del 90%, y en la educación superior, el bachillerato tenía 2 mil estudiantes en los  dos centros existentes. Para cursar estudios universitarios en Madrid, disponían del Colegio Mayor Nuestra Señora de África,  con  una capacidad de 110 internos. La fertilidad de su tierra la hace perfecta   para el cacao, café, aceite de palma, plátano, yuca y abacá, productos originarios de otras partes de la Hispanidad, los dos últimos de América  y de Filipinas. Sin embargo, la presión de Naciones Unidas y de los primeros grupos nacionalistas guineanos obligó a iniciar el proceso de descolonización. El 11 de agosto de 1968 se efectuó un referéndum que fue favorable a la independencia al alcanzar un 63% de apoyos. Seguidamente se efectuó la primera elección presidencial entre los candidatos Francisco Macías Ngema, Bonifacio Ondo Edu, Atanasio Ndongo y Edmundo Bossio, pasando a la segunda vuelta los dos primeros. Francisco Macías era el líder del IPGE (idea Popular de la Guinea Ecuatorial) de ideología populista de izquierda, apoyado por la oposición antifranquista, y bien conectado con el discurso  descolonizador. Bonifacio Ondo del MUNGE (Movimiento de Unión Nacional de Guinea Ecuatorial) tenía el apoyo de los tecnócratas del almirante Carrero Blanco, vicepresidente del gobierno español, representante de un conservadurismo social católico. Atanasio Ndongo del MONALIGE (Movimiento Nacional de Liberación de Guinea Ecuatorial) era socialdemócrata, apoyado por USA y el sector antitecnócrata del gobierno español, representado por el ministro de AAEE, José María Castiella. Edmundo Bossio de la Unión Bubi, defendía la autonomía de la isla y tenía el apoyo de los tecnócratas de Carrero Blanco. Sin embargo, será el candidato más radical quien consiga ganar la segunda vuelta presidencial al obtener el apoyo de sus rivales contra Bonifacio Ondo al prometerles asientos en el nuevo gobierno, con un 62,35%, mientras Ondo quedó en segundo lugar con un 37,65%.

Guinea Ecuatorial se convertía en un país soberano bajo la presidencia  de Francisco Macías hasta 1979. Durante este periodo el nuevo régimen evolucionó a una dictadura personal que puso fuera de la ley a los partidos políticos, excepto al PUNT (Partido Unión Nacional de los Trabajadores). Bajo su gobierno inició un proceso de africanización, intentando eliminar la herencia cultural española, cerrando  las escuelas  y atacando a la Iglesia Católica que se oponía a su tiranía personal, prohibiendo su culto. Durante el transcurso de su gobierno eliminó a sus antiguos rivales políticos, acusándolos de fomentar movimientos desestabilizadores. El nivel de vida conseguido bajo la  soberanía española se perdió. En 1979 el teniente coronel Teodoro Obiang Nguema restauró el orden mediante un golpe de fuerza que derroco al tirano, que sería juzgado y ejecutado poco después. Teodoro Obiang Nguema ha  sido el presidente desde entonces, elegido en varias elecciones por el PDGE (Partido Democrático de Guinea Ecuatorial), a partir de 1996 en competencia con otros partidos políticos. El descubrimiento de grandes reservas petrolíferas en sus aguas territoriales cambió profundamente la nación guineana, y la convirtió en centro de interés de las grandes potencias de la región.